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注意到第二步原子核薛定谔方程的求解中，需要电子态能量以原子核位置为坐标的函数，因而往往需进行多次，乃至数千万次电子结构的计算，造成计算严重的困难。即使在小分子体系中，往往也无法采用完全量子力学的方法求解波函数。由于原子核的质量比电子大得多，量子效应不如电子明显，因此这一步往往采用比电子结构步骤更高程度的近似方法，以减轻计算负担。例如常采用经典力学或者半经典近似处理原子核运动；在振动幅度较小的情况下，可将势能面近似为二次曲面，而原子核的运动则转化为量子谐振子问题而可解析解出。某些情况下亦可采用平衡态的近似，运用统计力学或过渡态理论等统计方法则，只需要在少量关键位置进行电子结构和振动计算就得到关于分子的分布或反应速率等信息。
波恩-奥本海默近似只有在所在电子态与其他电子态能量都足够分离的情况下才有效。当电子态出现交叉或者接近时，波恩－奥本海默近似即失效。
对于基态，不加其他近似的情况下通过波恩－奥本海默近似得出的体系总能量一定小于体系真实能量，因而给出了真实能量的下限。与此相对，另一绝热近似方法波恩－黄近似则给出体系真实能量的上限。
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