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头骨后部呈方形轮廓。枕骨髁为椭圆形。外枕骨顶部倾斜向后、侧面呈45度角突出。下枕骨基枕区长于基蝶骨。
下颌后部厚实，下颌孔小。下颌正面相对低矮而结构简单。下颌仰视为U形。齿骨前端外侧有一道加厚的纵沟，用以容纳前齿骨的喙。齿骨缘上有25至27个牙槽。下颌齿排列紧密，除前5至6颗牙齿重叠外，其余不重叠。牙齿呈现典型剑龙类唇面凸、舌面平。齿冠中央有一个不明显的隆脊，两侧各有6至7个小齿，齿冠与齿根分界处有一个明显的齿环。
董等人（1977）将沱江龙置于剑龙科中，更精确地来说是属于剑龙亚科。Galton（2004）的支序分析将沱江龙置于更进阶的位置，是嘉陵龙的姊妹分类单元。Susannah Maidment（Susannah Maidment）和Guangbiao Wei（2006）的分析确认沱江龙位于剑龙科中。但Mateus等人（2009）和梅德曼特（2010）则将沱江龙置于剑龙科之外的基础位置，与似花君龙、华阳龙、重庆龙、巨刺龙、将军龙构成一个Polytomy；其中忽略最后两属之外，沱江龙将与似花君龙则构成一个剑龙科之外的群组，而华阳龙与重庆龙则组成华阳龙科；他们的分析如下列演化树所示：
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蛋白酶抑制剂（Protease inhibitor, antiprotease）是带有环状结构的肽化合物，可竞争性或非竞争性抑制蛋白酶活性，此外，蛋白酶抑制剂还可以降低白介素－1β转换酶的表达，从而使病毒颗粒无法成熟、抑制病毒的复制。FDA已批准上市7种药物（SQV、RTV、IDV、NFV、APV等）。
自然界本就存在许多蛋白酶抑制剂，它们与蛋白酶互相制约而处于动态平衡；许多天然蛋白酶抑制剂本身结构也是蛋白质。蛋白酶抑制剂通过与蛋白酶活性位点结合调控靶蛋白酶活性，从而影响蛋白质代谢。
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